Otro método eficaz para mejorar la fertilidad del suelo es la rotación de cultivos. La rotación de cultivos consiste en sembrar distintos tipos de cultivos en un campo en un orden específico, con el objetivo de reponer el suelo con distintos nutrientes.
Por ejemplo, cultivar leguminosas, como judías o guisantes, puede ayudar a añadir nitrógeno al suelo, mientras que cultivar cereales, como trigo o maíz, puede ayudar a añadir materia orgánica. Además, la rotación de cultivos puede ayudar a reducir la presión de plagas y enfermedades, ya que éstas suelen tener plantas huésped específicas.